L'Associazione EGEA sarà amministrata da un CONSIGLIO DIRETTIVO, che avrà la funzione di dirigere le attività dell'Associazione. Questa avrà poi un COMITATO SCIENTIFICO composto da soggetti competenti nelle materie attinenti le tematiche di cui si occuperà il Museo. Questo sarà presieduto da un DIRETTORE SCIENTIFICO che curerà l'organizzazione delle attività del Museo e da un DIRETTORE ORGANIZZATIVO. Saranno inoltre presenti un COLLEGIO DEI REVISORI, che verificherà la gestione Amministrativa e Contabile dell'Associazione, il rispetto delle norme, e la correttezza delle scritture contabili, e un ORGANO MONOCRATICO DI DISCIPLINA. Sarò inoltre creata una AGORÀ, composta dai rappresentanti delle realtà associative operanti nei vari settori di operatività del MUSEO. In questo modo si vuole legare e collegare il Museo con il territorio e con le varie espressioni storiche, culturali e tradizionali che lo animano.